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黑龙江农业工程职业学院开设的专业有：食品检验检测技术、作物生产与经营管理、园艺技术、种子生产与经营、食品药品监督管理、食品智能生产技术、环境监测技术、工程造价、建筑工程技术、建筑室内设计、水利水电工程智能管理、水利水电工程技术、药品生产技术、中药学、生物制药技术、药品经营与管理、药品质量与安全、商务日语、应用韩语、广告艺术设计、大数据技术、软件技术、计算机应用技术、水产养殖技术、金融服务与管理、花卉生产与花艺等。
省重点、培育专业级特色专业：5个：食品智能加工技术、大数据与会计、旅游管理、机电一体化技术、计算机应用技术。
黑龙江农业工程职业学院成立于1948年，是我国创建最早的专门培养粮食生产、农业机械化和畜牧水产养殖人才的职业院校。学院是国家示范性高职院校、国家优质专科高职院校、国家“双高计划”建设单位、全国乡村振兴人才培养优质校、全国教学诊断与改进工作试点院校、国家级现代学徒制试点院校、全国职业院校数字校园实验校。2022年，学院被列入省“十四五”高校设置规划重点建设农业职业技术大学。学院校企合作案例入选国家发展改革委遴选的职业教育产教融合典型案例50强。在金平果2024年中国高职高专院校竞争力评价结果中，学院进入全国前100强。学校荣获2023年黑龙江省五一劳动奖状，入选国家级高技能人才培训基地A档建设单位。
学院全面贯彻党的教育方针，落实立德树人根本任务，牢牢把握服务现代农业办学方向，始终坚守高等职业教育办学定位，聚焦“粮经牧渔”主要产业，围绕种养、加工、储运、销售等重点领域，将装备、生物、数字、智能、水利五大工程技术与农业技术深度融合，推动专业链与产业链、创新链有效对接，构建了“双核双驱”专业集群结构。学院现有国家级高水平专业群1个、省级高水平专业群3个、国家级重点专业10个，建成国家级精品资源共享课7门、国家级精品在线开放课程1门、国家级课程思政示范课2门、省级精品课程及精品在线开放课程40门、省级课程思政示范课17门、省级一流核心课程（线下）4门。主持建设职业教育农业装备应用技术等专业教学资源库国家级3项、省级3项。在全国率先实施的“双主体”人才培养模式被列入国家示范性建设成果汇编，养鱼生产全过程实习教改成果在全国30余所同类院校推广，《“四融四联动”的高职水产养殖技术专业人才培养模式创新与实践》获国家级教学成果二等奖。
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