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蚌埠医科大学开设的专业有：口腔医学、信息管理与信息系统、医学信息工程、健康服务与管理、临床医学、康复治疗学、麻醉学、精神医学、应用心理学、应用统计学、预防医学、食品卫生与营养学、药学、药物分析、临床药学、护理学、生物科学、生物技术、生物医学科学、制药工程、物联网工程、食品质量与安全、医学影像技术、医学影像学、智能医学工程。
省级(直辖市)级特色专业：4个：医学影像学、生物科学、预防医学、食品卫生与营养学。
1958年7月，为加快安徽建设，改变皖北地区人民群众缺医少药的局面，国家决定由原上海第二医学院（现上海交通大学医学院）援建创立蚌埠医学院。
学校坚持“以医为本、以本为本、以生为本、以质为本”办学理念，现拥有医学、理学、工学、管理学、教育学5个学科门类，29个本科专业，全日制在校本科生12289名，硕士研究生2247名（含留学生）；有7个一级学科硕士学位授权点和7个硕士专业学位授权类别；临床医学学科进入ESI全球排名前1%。学校拥有3个国家级一流本科专业建设点、1个国家级特色专业、1个国家级综合改革试点专业、1个国家级临床教学培训示范中心、8个省级一流本科专业建设点，10个省级特色（品牌）专业，11个省级综合改革试点专业，4个国家级重点专科、4个省级重点学科、23个省级重点专科和重点培育专科、2个特色专科，2个国家新药Ⅰ期临床研究基地，1个国家级科研平台“国家感染性疾病临床医学研究中心核心合作单位”，3个省级重点实验室、3个省教育厅重点实验室，1个省级工程技术中心，1个省人文社科重点研究基地，1个省级临床医学研究中心，1个安徽省高校高峰学科，8个省级示范实验实训中心，3个省级虚拟仿真实验教学中心，3个省级人才培养模式创新实验区。
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