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山东农业大学开设的专业有：英语、商务英语、俄语、日语、制药工程、森林保护（有害生物防控方向）、烟草、植物保护、动植物检疫、森林保护（菌物资源与利用方向）、林学、城乡规划、木材科学与工程、园林、水土保持与荒漠化防治、风景园林、蚕学、中药资源与开发、农学、种子科学与工程、植物科学与技术、电子信息科学与技术、计算机科学与技术、网络工程、通信工程、遥感科学与技术、物联网工程、信息与计算科学、数学与应用数学、测绘工程、空间信息与数字技术、数据科学与大数据技术、水文与水资源工程、给排水科学与工程、建筑环境与能源应用工程、道路桥梁与渡河工程、土木工程、水利水电工程、建筑学、土地整治工程、环境生态工程、土地资源管理（中英合作）、土地资源管理、农业资源与环境、环境工程、环境科学、地理信息科学、园艺、茶学、设施农业科学与工程、食品科学与工程、食品质量与安全（中英合作）、食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程、动物科学、动物药学、水族科学与技术、动物科学（中美）、动物医学、水产养殖学、秘书学、城市管理、行政管理、文化产业管理、法学、环境设计（室内设计与建筑设计方向）、环境设计（景观设计方向）、音乐学、录音艺术、视觉传达设计、制药工程、资源循环科学与工程、应用化学、材料化学、生物工程、生物科学、生物技术、农林经济管理、资产评估、工程管理、市场营销、金融学、旅游管理、国际经济与贸易、工商管理、会计学、财务管理、经济学、工商管理、国际经济与贸易、会计学、自动化、机械电子工程、农业机械化及其自动化、车辆工程、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、社会体育指导与管理、工商管理（体）。
国家级级特色专业：9个：动物科学、农学、园艺、植物科学与技术、生物技术、植物保护、蚕学、农业资源与环境、动物医学。
省级(直辖市)级特色专业：8个：植物保护、制药工程、农业机械化及其自动化、机械电子工程、农林经济管理、食品科学与工程、水利水电工程、土木工程。
学校是农业农村部与山东省人民政府共建高校，国家林业和草原局与山东省人民政府共建高校，是教育部、农业农村部、国家林业和草原局首批卓越农林人才教育培养计划改革试点高校，是山东省首批五所应用基础型特色名校之一，是山东省高水平大学“冲一流”建设高校，是首届全国文明校园。近年来，学校毕业生就业质量位居省属高校前列，深造率平均在38%以上，荣获全国毕业生就业典型经验高校50强、全国创新创业典型经验高校50强。
学校设有齐鲁学堂、农学院、植物保护学院、资源与环境学院、林学院、园艺科学与工程学院、动物科技学院（动物医学院）、机械与电子工程学院、经济管理学院（商学院）、食品科学与工程学院、生命科学学院、外国语学院、公共管理学院、水利土木工程学院、信息科学与工程学院、化学与材料科学学院、国际交流学院、体育学院、艺术学院、马克思主义学院、继续教育学院等21个学院。
