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哈尔滨工程大学开设的专业有：自动化、探测制导与控制技术、电气工程及其自动化、机器人工程、测控技术与仪器、人工智能、工程力学、飞行器动力工程、飞行器设计与工程、土木工程、水声工程、轮机工程、自动化、船舶与海洋工程、智能制造工程、工业设计、机械设计制造及其自动化、机械设计制造及其自动化（中外合作）、材料科学与工程、化学工程与工艺、材料物理（中英）、港口航道与海岸工程、船舶与海洋工程、海洋机器人、电子商务、工商管理、金融学、计算机科学与技术、软件工程、信息安全、水声工程、电子信息工程(水声)、海洋信息工程、轮机工程、能源与动力工程、核化工与核燃料工程、核工程与核技术、社会学、法学、光电信息科学与工程、应用物理学、电子信息工程、通信工程、思想政治教育、数学与应用数学、英语等。
国家级级特色专业：8个：自动化、测控技术与仪器、核工程与核技术、轮机工程、能源与动力工程、船舶与海洋工程、信息安全、信息对抗技术。
省重点、培育专业级特色专业：18个：核工程与核技术、土木工程、飞行器设计与工程、计算机科学与技术、数学与应用数学、机械设计制造及其自动化、工业设计、船舶与海洋工程、英语、自动化、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、能源与动力工程、轮机工程、软件工程、化学工程与工艺、工程力学、材料科学与工程。
学校是首批具有博士、硕士学位授予权单位，1996年被确定为首批“211工程”重点建设高校，2002年经教育部批准设立研究生院，2011年被确定为国家优势学科创新平台项目建设高校，2017年进入国家“双一流”建设行列。学校坚持“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用）办学方略，为我国船舶工业、核工业、国防现代化和经济社会发展做出了重要贡献，已成为我国船海核领域高水平研究型大学。
学校坚守为党育人、为国育才，全面落实立德树人根本任务，坚持工学并举，促进学生德智体美劳全面发展，突出视野宽、基础厚、能力强、素质优、重创新的人才培养特色，致力于培养担当民族复兴大任的可靠顶用、拔尖创新的新时代“工学”人才。学校现有学生3.44万余人，其中本科生1.67万余人、硕士研究生1.31万余人、博士研究生3900余人、留学生700余人。学校另有成人学历教育学生2600余人。学校学生获评“中国大学生自强之星标兵”“最美大学生”“中国大学生年度人物”，9人荣获“中国大学生年度人物”提名奖及入围奖。近年来，学生获得国际级、国家级创新创业大赛重要奖项逾千项。其中，“E唯”代表队连续两年获国际水下机器人大赛冠军，打破世界顶尖高校对该项赛事20年的垄断；近五年获“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛特等奖、“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛金奖和中国国际大学生创新大赛金奖等国家级奖项75项。学校获中国国际大学生创新大赛先进集体奖，连续6次捧得“挑战杯”大学生系列竞赛“优胜杯”，获评中国研究生创新实践系列大赛十年发展重要贡献单位。学校入选首批国家级创新创业教育实践基地建设单位、全国首批深化创新创业教育改革示范高校、全国创新创业典型经验高校、全国高校实践育人创新创业基地、中国青年科技创新行动示范基地，获评全国五四红旗团委、全国科普教育基地等称号，“E唯”机器人创新团队、“创翼”创新团队获全国大学生“小平科技创新团队”。毕业生初次毕业去向落实率保持在93%以上，连续多年位居全国高校前列，毕业生以“可靠顶用”“拔尖创新”等特质而受到用人单位的广泛赞誉，成为全国毕业生就业50所典型经验高校之一。毕业生去向主要为“三海一核”主体领域及国家战略重要领域，就业的毕业生中超过70%投身工业化、信息化和国防现代化建设，近半数毕业生在世界及国内500强企业就业。在18余万名毕业生中，有200余名共和国的将军、部长、省长、院士，近万名高等院校、科研院所、大中型企业的技术领军和高级管理人才，他们为国防现代化建设和国家经济社会发展做出了重要贡献。
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