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福建中医药大学开设的专业有：药学、药物制剂、食品科学与工程、中药学、制药工程、康复治疗学（闽台3+1）、康复物理治疗、听力与言语康复学、康复作业治疗、中医骨伤科学、中医学（5+3一体化）、中医学（五年制）、中医骨伤科学、中医学(5+3一体化）、中医学（五年制）、临床医学、中西医临床医学、医学影像技术、护理学、针灸推拿学等。
国家级级特色专业：4个：中医学、针灸推拿学、护理学、中医骨伤科学。
省级(直辖市)级特色专业：2个：中药学、护理学。
福建中医药大学创建于1958年，是我国创办较早的高等中医药院校之一，两次入选福建省重点建设高校，是福建省“双一流”建设高校，是福建省人民政府与国家中医药管理局共建高校。
2002年和2007年，学校先后两次在教育部组织的本科教学工作水平评估中获得“优秀”。2010年12月，中医学通过教育部试点专业认证。2016年，学校顺利通过本科教学工作审核评估，康复物理治疗、康复作业治疗分别通过世界物理治疗联盟、世界作业治疗联盟国际教育标准认证。2017年5月，中药学通过教育部专业认证。2019年3月，护理学通过教育部专业认证。2020年3月，临床医学通过教育部专业认证。目前，学校拥有9个国家级一流本科专业建设点、4个国家级特色专业、1个国家级专业综合改革试点、2项国家级卓越医生（中医）教育培养计划改革试点项目、1个国家级大学生校外实践教育基地、1个国家级人才培养模式创新实验区、1个国家中医临床教学培训示范中心、18门国家级一流本科课程、2个国家级课程思政示范项目、3门国家级精品课程、2门国家级精品视频公开课、3门国家级精品资源共享课、1门国家级双语教学示范课程、2个国家级教学团队，1个国家级首批虚拟教研室建设试点。有6名教育部教学指导委员会委员（其中中医学类专业教学指导委员会副主任委员1名、中西医结合类专业教学指导委员会副主任委员1名）。主编“十二五”至“十五五”规划教材123部。获教学成果奖国家级一等奖1项、二等奖3项，省级特等奖8项、一等奖22项、二等奖26项。获教师教学类竞赛省级及以上特等奖7项、一等奖51项、二等奖60项、三等奖51项，其中全国高校教师教学创新大赛一等奖3项。
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