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南京工程学院开设的专业有：工商管理、大数据管理与应用、应用经济学、管理科学与工程、法学、市场营销、财务管理、公共管理、会计学、国际经济与贸易、社会工作、工程造价、工程管理、人力资源管理、信息管理与信息系统、劳动与社会保障、物流管理、复合材料与工程、功能材料、材料成型及控制工程、高分子材料与工程、材料科学与工程、金属材料工程、焊接技术与工程、电子信息科学与技术、光电信息科学与工程、人工智能、通信工程（含电力通信方向）、电子信息工程、信息工程、工业设计、环境设计、工艺美术、视觉传达设计、产品设计、动画、网络工程、数据科学与大数据技术、计算机科学与技术、软件工程、数字媒体技术、机械电子工程、机械工程、机械设计制造及其自动化、过程装备与控制工程、工业工程、电气工程与智能控制、电气工程及其自动化、智能电网信息工程、建筑电气与智能化、城市地下空间工程、智能建造、建筑学、土木工程、能源与动力工程、新能源科学与工程、核工程与核技术、建筑环境与能源应用工程、车辆工程(含节能与新能源汽车和城市轨道车辆两个专业模块)、交通设备与控制工程、交通运输、汽车服务工程、测控技术与仪器、机器人工程、智能制造工程、自动化、机械设计制造及其自动化（数控加工与维修）、机械设计制造及其自动化（计算机辅助制造与数控加工）、自动化（系统集成）、环境工程、能源化学工程、水质科学与技术、社会工作、劳动与社会保障、商务英语、英语、软件工程等。
国家级级特色专业：3个：自动化、热能与动力工程、电气工程及其自动化。
省级(直辖市)级特色专业：9个：自动化、材料成型及控制工程、通信工程、材料科学与工程、电子信息工程、能源与动力工程、软件工程、市场营销、智能电网信息工程。
省重点、培育专业级特色专业：16个：机械设计制造及其自动化、机械电子工程、过程装备与控制工程、车辆工程、材料科学与工程、材料成型及控制工程、焊接技术与工程、能源与动力工程、环境工程、电气工程及其自动化、智能电网信息工程、自动化、测控技术与仪器、计算机科学与技术、软件工程、网络工程。
南京工程学院是一所具有百年办学历史、深厚工科底蕴、鲜明应用特色的江苏省属高校。2000年6月，由两所国家首批示范性高工专—隶属原国家机械部的原南京机械高等专科学校（办学历史可追溯到1915年上海同济医工学堂附设机师科）和隶属原国家电力部的原南京电力高等专科学校（办学前身是1946年创建的江苏省立苏州高级工业职业学校）合并组建而成，2001年4月隶属原国家核工业部的原南京工业学校并入。
学校目前是教育部“卓越工程师教育培养计划”和“CDIO工程教育改革”首批试点高校，国家机电控制类人才培养模式创新试验区，全国文明校园，全国产学研合作典型高校，全国毕业生就业典型经验高校，全国国防教育特色学校，全国创业孵化示范基地，全国高等学校应用型本科院校专门委员会主任委员单位，全国大学生创新创业实践联盟理事长单位，全国应用型高校研究生教育发展联盟副理事长单位，江苏省高教学会应用型本科院校研究会理事长单位，江苏省党建工作先锋高校建设单位，江苏省首批一流应用型本科高校建设单位，江苏省博士学位授予立项建设单位。
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