福建中医药大学第五轮学科评估完整结果目前还未公示。作为参考，在教育部第四轮学科评估中，福建中医药大学共有4个学科获得评级，中西医结合获评B，为学校评级最高的学科。
教育部第四轮学科评估中，福建中医药大学一共4个学科上榜，其中1个B学科、1个B-学科、2个C-学科。
| 序号 | 院校名称 | 学科名称 | 评估结果 |
|---|---|---|---|
| 1 | 福建中医药大学 | 中西医结合 | B |
| 2 | 福建中医药大学 | 中医学 | B- |
| 3 | 福建中医药大学 | 中药学 | C- |
| 4 | 福建中医药大学 | 护理学 | C- |
从评级较高的学科来看，福建中医药大学的中西医结合获评B，中医学获评B-，中药学、护理学获评C-，这些学科均为该校的优势学科。
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