南京农业大学第五轮学科评估完整结果目前尚未公开。作为参考，在教育部第四轮学科评估中，南京农业大学共有16个学科获得评级，其中作物学、植物保护、农业资源与环境、农林经济管理获评A+，为学校评级最高的学科。
教育部第四轮学科评估中，南京农业大学一共16个学科上榜，其中4个A+学科、1个A学科、2个A-学科、2个B+学科、1个B学科、2个B-学科、3个C+学科、1个C学科。
| 序号 | 院校名称 | 学科名称 | 评估结果 |
|---|---|---|---|
| 1 | 南京农业大学 | 作物学 | A+ |
| 2 | 南京农业大学 | 植物保护 | A+ |
| 3 | 南京农业大学 | 农业资源与环境 | A+ |
| 4 | 南京农业大学 | 农林经济管理 | A+ |
| 5 | 南京农业大学 | 公共管理 | A |
| 6 | 南京农业大学 | 食品科学与工程 | A- |
| 7 | 南京农业大学 | 园艺学 | A- |
| 8 | 南京农业大学 | 畜牧学 | B+ |
| 9 | 南京农业大学 | 兽医学 | B+ |
| 10 | 南京农业大学 | 农业工程 | B |
| 11 | 南京农业大学 | 水产 | B- |
| 12 | 南京农业大学 | 图书情报与档案管理 | B- |
| 13 | 南京农业大学 | 环境科学与工程 | C+ |
| 14 | 南京农业大学 | 风景园林学 | C+ |
| 15 | 南京农业大学 | 草学 | C+ |
| 16 | 南京农业大学 | 工商管理 | C |
从评级较高的学科来看，南京农业大学的作物学、植物保护、农业资源与环境、农林经济管理获评A+，公共管理获评A，食品科学与工程、园艺学获评A-，这些学科均为该校的优势学科。
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