南京大学第五轮学科评估完整结果目前尚未公开。作为参考，在教育部第四轮学科评估中，南京大学共有41个学科获得评级，其中天文学、地质学、图书情报与档案管理获评A+，为学校评级最高的学科。
教育部第四轮学科评估中，南京大学一共41个学科上榜，其中3个A+学科、11个A学科、7个A-学科、10个B+学科、5个B学科、2个B-学科、2个C+学科、1个C学科。
| 序号 | 院校名称 | 学科名称 | 评估结果 |
|---|---|---|---|
| 1 | 南京大学 | 天文学 | A+ |
| 2 | 南京大学 | 地质学 | A+ |
| 3 | 南京大学 | 图书情报与档案管理 | A+ |
| 4 | 南京大学 | 哲学 | A |
| 5 | 南京大学 | 社会学 | A |
| 6 | 南京大学 | 中国语言文学 | A |
| 7 | 南京大学 | 外国语言文学 | A |
| 8 | 南京大学 | 中国史 | A |
| 9 | 南京大学 | 物理学 | A |
| 10 | 南京大学 | 生物学 | A |
| 11 | 南京大学 | 计算机科学与技术 | A |
| 12 | 南京大学 | 环境科学与工程 | A |
| 13 | 南京大学 | 软件工程 | A |
| 14 | 南京大学 | 工商管理 | A |
| 15 | 南京大学 | 理论经济学 | A- |
| 16 | 南京大学 | 法学 | A- |
| 17 | 南京大学 | 数学 | A- |
| 18 | 南京大学 | 地理学 | A- |
| 19 | 南京大学 | 化学 | A- |
| 20 | 南京大学 | 生态学 | A- |
| 21 | 南京大学 | 电子科学与技术 | A- |
| 22 | 南京大学 | 应用经济学 | B+ |
| 23 | 南京大学 | 政治学 | B+ |
| 24 | 南京大学 | 马克思主义理论 | B+ |
| 25 | 南京大学 | 新闻传播学 | B+ |
| 26 | 南京大学 | 考古学 | B+ |
| 27 | 南京大学 | 世界史 | B+ |
| 28 | 南京大学 | 材料科学与工程 | B+ |
| 29 | 南京大学 | 城乡规划学 | B+ |
| 30 | 南京大学 | 管理科学与工程 | B+ |
| 31 | 南京大学 | 公共管理 | B+ |
| 32 | 南京大学 | 大气科学 | B |
| 33 | 南京大学 | 光学工程 | B |
| 34 | 南京大学 | 信息与通信工程 | B |
| 35 | 南京大学 | 建筑学 | B |
| 36 | 南京大学 | 地质资源与地质工程 | B |
| 37 | 南京大学 | 统计学 | B- |
| 38 | 南京大学 | 水利工程 | B- |
| 39 | 南京大学 | 海洋科学 | C+ |
| 40 | 南京大学 | 生物医学工程 | C+ |
| 41 | 南京大学 | 控制科学与工程 | C |
从评级较高的学科来看，南京大学的天文学、地质学、图书情报与档案管理获评A+，哲学、社会学、中国语言文学、外国语言文学、中国史等学科获评A，理论经济学、法学、数学、地理学、化学等学科获评A-，这些学科均为该校的优势学科。
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