强基计划的培养体系以服务国家重大战略需求为核心，通过选拔有志向、有兴趣、有天赋的青年学生，实施专门化培养，旨在为关键领域输送拔尖创新人才。
强基计划采用本-硕-博全面贯通培养，单独编班，配备一流师资，一流学习条件，实行导师制、小班化培养，并采用动态考核进出机制。通过强基计划录取的学生本科阶段原则上不允许转专业。
强基生在硕博阶段可选择本学科继续深造，也可选择相关专业交叉学科，甚至有些可以申请其他学院专业。
强基计划聚焦数学、物理、化学、生物、历史、哲学、古文字学等基础学科，招生对象分为两类：一是综合素质优秀的学生，录取依据高考成绩（占比不低于85%）、高校综合考核结果及综合素质评价；二是基础学科拔尖的学生，如在全国中学生学科奥林匹克竞赛中获全国决赛二等奖及以上奖项者，可破格录取。高校通常按招生计划的5-6倍比例确定入围高校考核名单，并在高考后增加考生确认环节。
入学后，学生享受导师制、小班化等培养模式，课程体系以学科基础课、核心课和限选课为主体，强化田野实践、虚拟仿真教学等实践环节，例如北京大学考古学专业构建了以中国考古学和田野考古实习为核心的课程体系，并开设新兴学科课程。
强基计划探索本—硕—博衔接培养模式，优秀学生可获得免试推荐研究生、直博、公派留学及奖学金优先支持；阶段性考核动态管理，未达标者可能分流，同时通过国际会议、外派访学等途径提升国际化水平。
学科支持与资源保障：高校为强基计划学生提供科研平台、实验室及图书资料等资源，注重多学科交叉融合，例如北京大学考古文博学院拥有国家级实验教学中心和虚拟仿真教学平台，强化科研训练与实践能力培养。
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