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玉溪农业职业技术学院开设的专业有：生物技术与应用、农产品质量检测、中草药栽培技术、设施农业与装备、种子生产与经营、作物生产与经营管理、烟草栽培与加工技术、动漫设计技术、会展设计、文秘、广告设计与制作、室内设计、计算机应用技术、计算机网络技术、动物医学、动物药学、动物防疫与检疫、宠物养护与驯导、畜牧兽医、宠物医疗技术、水产养殖、环境艺术设计、测绘工程技术、工程测量技术、园林技术、园林工程技术、工程造价、市场营销、会计、文秘、物流管理、电子商务、农业经济管理、生物技术及应用、生物制药技术、食品加工技术、护理、中医养生保健等。
省级(直辖市)级特色专业：1个：烟草栽培与加工技术。
学院共有研和、峨山两个校区，提级管理通海职中、峨山职中、新平职中，元江职中，成立玉溪农业职业技术学院职业教育集团，形成“高职引领、中职支撑、纵向贯通、横向融通”的现代职业教育体系。学院占地总面积1042亩，其中教学行政用房面积231742.11平方米，教职工394人，其中在职在编314人，专任教师273人，银龄教师31人，具有副高级以上职称教师88人，研究生以上176人（其中，博士8人，在读博士5人）。省级“双师型”教师160人，占专任教师比例58.61%，省级产业导师3人，省政府津贴2人，省级优秀教师1人，云南省教学管理先进个人5人，省级科技特派员6人，省级“三区”人才计划11人，兴玉教学名师3人，市级中青年学科技术带头人3人，国家级心理咨询师13人。现有云南省院士专家工作站1个，省级教学团队2个，省级技能大师工作室1个，省级教学名师工作室1个，省级专业技能大师工作室1个，市级专家基层科研工作站2个，市级行业专家工作站2个，市级重点实验室1个。
学院现有农林科学技术学院、动物科技学院、食品药品学院、康养学院、经济管理学院、建筑与环境艺术工程学院、信息电气工程学院、马克思主义学院8个二级学院。聚焦省委“3815”战略发展目标，坚持以市场需求为导向，调整优化专业结构，目前，共开设三年制专科招生专业46个，与本科院校合作办学开办高本贯通招生专业2个，与中职学校合作办学开办中高“3+2”招生专业7个。建有中央财政支持服务产业能力建设专业2个，中央财政支持实验实训基地建设基地1个，国家级骨干专业1个，省级高水平专业群1个，省级骨干专业2个，省级特色专业4个。不断深化校企合作、产教融合，牵头成立数字产业创新学院、智慧养殖学院、数字花卉产业学院、非遗文化产业学院等22个产业学院，牵头成立2个市域产教融合联合体和13个产教融合共同体。
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