南方医科大学第五轮学科评估完整结果目前还未公示。作为参考，在教育部第四轮学科评估中，南方医科大学共有9个学科获得评级，其中基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合获评B+，为学校评级最高的学科。
教育部第四轮学科评估中，南方医科大学一共9个学科上榜，其中3个B+学科、4个B学科、2个C-学科。
| 序号 | 院校名称 | 学科名称 | 评估结果 |
|---|---|---|---|
| 1 | 南方医科大学 | 基础医学 | B+ |
| 2 | 南方医科大学 | 公共卫生与预防医学 | B+ |
| 3 | 南方医科大学 | 中西医结合 | B+ |
| 4 | 南方医科大学 | 生物医学工程 | B |
| 5 | 南方医科大学 | 临床医学 | B |
| 6 | 南方医科大学 | 药学 | B |
| 7 | 南方医科大学 | 护理学 | B |
| 8 | 南方医科大学 | 口腔医学 | C- |
| 9 | 南方医科大学 | 中药学 | C- |
从评级较高的学科来看，南方医科大学的基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合获评B+，生物医学工程、临床医学、药学、护理学获评B，口腔医学、中药学获评C-，这些学科均为该校的优势学科。
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