N9联盟和C9联盟的主要区别：C9联盟代表中国传统高等教育的顶尖水平，而N9联盟则聚焦前沿科技和跨学科融合，以“小而精、创新型、国际化”为特色，不与传统名校直接竞争，而是互为补充。且在招生方式上，C9联盟高校主要依靠传统高考分数录取；而N9联盟高校普遍采用“综合评价、多元选拔、择优录取”的招生模式。
N9联盟是否要跟C9联盟“掰手腕”?西湖大学副校长程建军回应道，“我们并不是要跟中国已有的名牌大学‘掰手腕’。可以把我们看成中国3000所大学的侦察兵、排头兵，在教学、科研、产业化、国际化方面形成好的经验，给它们做参考。”
N9联盟以"使命驱动"为核心，通过产学研深度融合、跨校资源共享等创新模式，破解"卡脖子"技术难题，推动高等教育从规模扩张转向质量提升，与C9联盟形成互补共生的多元生态格局。
N9联盟与传统的C9联盟有着本质区别，二者并非替代关系，而是互补共存。其区别主要体现在办学定位、培养模式、学科布局和接轨国际四个方面。
1、办学定位与使命
C9联盟是中国首个顶尖大学间的高校联盟，成员包括北京大学、清华大学等首批“985工程”重点建设的一流大学，代表了中国传统高等教育的最高水平。
N9联盟则旨在打造“第四代大学”，聚焦前沿科技和跨学科融合，力争成为中国3000所大学的侦察兵、排头兵。
2、人才培养模式
在招生方式上，C9联盟高校主要依靠传统高考分数录取。
而N9联盟高校普遍采用“综合评价、多元选拔、择优录取”的招生模式。
例如，南方科技大学实行“631”模式（高考成绩60%、能力测试30%、高中学业成绩10%）。
上海科技大学则采用“校园开放日+高考统考”相结合的方式。
在培养过程中，N9联盟高校更注重科研与实践的融合。
深圳理工大学对本科生实行“4+1”或“4+3”教学安排，让学生每周有连续时间进入实验室。
3、学科布局与组织结构
C9联盟高校多为学科门类齐全的综合性大学，办学规模大，历史积淀深。
N9联盟高校则走“小而精”路线，学科布局普遍偏向理工领域，主要在人工智能、集成电路、新材料、新能源等前沿领域布局。
4、与国际接轨程度
N9联盟高校从创办伊始就注重国际化建设，组建具有国际顶尖院校背景的教师队伍，常态化提供海外名校交流、联合培养等机会。
相比之下，C9联盟高校虽然也有较高的国际化水平，但整体上仍以国内培养模式为主。
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