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厦门医学院开设的专业有：预防医学、化妆品技术与工程、护理学、助产学、康复治疗学、临床医学、精神医学、麻醉学、中药学、海洋药学、生物制药、药学、口腔医学技术、口腔医学、医学检验技术等。
省级(直辖市)级特色专业：1个：口腔医学。
厦门医学院是福建省三所医学类本科高校之一，也是厦门市乃至闽西南唯一的医学类本科高校。2016年3月经教育部批准升格为全日制公办普通本科高校，实行“省属高校、省市共建”的管理体制，2023年以优良成绩通过教育部本科教学工作合格评估，2025年被确定为福建省硕士学位授予单位培育项目。办学渊源可追溯到1898年在鼓浪屿创设的医学专门学校。学校传承“德厚立人、术湛立业”的校训，弘扬“阳光、大气、善良、感恩”的校风和“忠诚、团结、实干、创新”的学风，将社会主义核心价值观与医学院校实际相结合、凝练形成富有厦医特色的“对国家尽忠、对父母尽孝、对单位尽责、对患者尽心”的“四尽”医药卫生人才培养理念，立足厦门、面向福建、辐射全国，致力于为医疗卫生行业和医药、健康产业输送高素质应用型医药卫生人才。“升本更名”以来，学校在本科教育教学的新跑道上筚路蓝缕、攻坚克难，实现了跨越发展、内涵发展、特色发展、绿色发展、安全发展。
学科专业日臻完善。现有临床医学院、口腔医学院、护理学院、药学院、公共卫生与医学技术学院、基础医学院、马克思主义学院、公共课教学部、继续教育学院、体育教研部和附属第二医院、附属口腔医院等12个教学机构，设有图书馆、信息中心、实验室与设备管理中心等3个教学辅助机构。已形成“医、护、药、技”齐全的学科专业体系，现设临床医学、精神医学、康复治疗学、麻醉学、口腔医学、口腔医学技术、护理学、助产学、药学、中药学、生物制药、海洋药学、预防医学、化妆品科学与技术、信息管理与信息系统、医学检验技术、眼视光学、化妆品技术与工程等18个本科专业，并面向全国招生，目前有在校生8500人左右。北京大学口腔医学院、四川大学华西医学院等国内知名高校对我校开展对口帮扶；2021年起，学校与福建医科大学、福建中医药大学、集美大学联合招收、培养硕士研究生。
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